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  • 032020/07

    置 顶技术干货||揭秘空间转录组实验核心步骤——扫描成像和组织透化优化

    自烈冰生物关键技术——冷冻切片制备亮相以后,很多老师都对烈冰的空间转录组测序保持极大地关注,尤其之前小编请到了实验团队大神Dr.Han亲自上手,结合实际操作详细介绍了样本制备的整个过程,老师们纷纷反馈注意到了很多之前忽略的细节操作。那么,本期小编就持续高能输出技术干货,介绍一下烈冰生物的数字切片扫描成像方案以及空转实验的核心步骤——组织透化优化,全程高能,做好准备哦~扫描成像的分辨率是影响组织切片原始图像信息精度和准确度的重要因素。将组织切片扫描为包含所有组织信息的高分辨率电子图片,可以在电脑上进行放大和缩小,如同在显微镜上操作一样,真正将物质的切片标本快速数字化,实现病理数字阅片。组织透化是指将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探

  • 192020/06

    置 顶ScATAC-seq——原理及实验流程大起底

    烈冰生物金沙线路检测网址产品另一“虎将”——ScATAC-seq一经上线就迅速走红,引起不小的轰动!很多老师也对单细胞ATAC测序产生了极大的兴趣。本期,小编就带大家一起来详细了解一下ScATAC-seq测序的原理和实验流程介绍。ScATAC-seq作为ATAC-seq的进阶版,能够区分实验样本的细胞类型,细胞分化过程开放性染色质有什么差异,调控了哪些信号通路等等。总的来说,ScATAC-seq能在基因组水平上帮助我们了解细胞的转录调控过程,揭示不同调控因子位点,从表观遗传学的角度来解析基因信息。ScATAC-seq在开放染色质图谱绘制,细胞分化发育,疾病的致病机制,肿瘤微环境、生物标志物等方面具有极大的应用前景。要了解ScATAC-se

  • 052020/06

    置 顶空间转录组样本不合格?细节决定成败,烈冰送您最详细的空转样本准备指南

    上一期小编推出烈冰生物关键技术——冷冻切片制备之后,很多老师都表示很感兴趣,销售部同事订单直线增加。小编整理售前答疑的过程中,发现有老师们对样本准备阶段有很多疑问。那么,本期小编就来详细介绍一下空间转录组(SpatialTranscriptome)样本制备过程的具体问题,提供详细的样本准备指南,助力每一份珍贵的样本都能顺利进行空间转录组实验。烈冰可接受样本类别:冻存组织,OCT包埋组织。如果样本充足,最好准备2份及以上,一份用于RNA质控和后续的正式切片实验;一份留作备用;如果组织样本珍贵稀缺,可以酌情减少样本数量。我们请到了烈冰实验团队大神Dr.Han亲自上手,针对小鼠的不同组织进行实验,不断对样本制备操作步骤进行优化,为老师们实

  • 252020/05

    置 顶Visium空间转录组||烈冰生物关键技术——冷冻切片制备

    前几期,小编已经简单介绍了Visium空间转录组的原理、实验流程(【空间转录组】第一弹之原理与样本制备,你都了解了吗?),以及高分文章的实验设计和研究思路,从小编分享的这几篇空间转录组的高分文章中,可以看出冷冻切片的制备是整个空间转录组实验的重点,决定了测序数据的质量。为了获得能够指示组织内真实表达水平的切片,实验过程需要在低温环境下快速完成,以确保组织内部RNA稳定性,这也极大考验实验人员的熟练度和专业性!那我们今天就来说一说冷冻切片需要注意的问题。大部分组织样本都远超过芯片捕获区域的面积(6.5mmX6.5mm),因此,切割区域,切割剖面等实验设计对于样本利用率最大化、成本最低化十分重要。2、切片的实验设计大部分组织样本都远超过

  • 142020/04

    置 顶【空间转录组】第二弹之一文带你了解空间转录组研究思路和应用领域

    上一期,我们介绍了空间转录组测序的原理和实验流程,特别是在样本准备过程中需要注意的地方,(【空间转录组】第一弹之原理与样本制备,你都了解了吗?)今天,小编就结合具体文章案例来分享一些目前空间转录组的分析思路。首先来给大家分享一篇18年6月份发表在《NatureCommunication》上的文章,该研究通过利用空间转录组(ST)测序,分析表征空间差异基因和途径。一、发表时间:2018.06发表期刊:NatureCommunication影响因子:11.878研究方向:肿瘤-前列腺癌研究策略:将患者根治性切除后的前列腺癌组织根据病理学注释做了12张组织切片(具体位置如上图所示),共分析了5910个区域,并利用反卷积方法分析转录组数据。

  • 082020/04

    置 顶【空间转录组】第一弹之原理与样本制备,你都了解了吗?

    其实,空间转录组的概念早在2016年就已经存在了,目前已经发表的空间转录组技术有Slide-seq、LCM-seq、seqFISH、MERFISH、Liversinglecellzonation以及Tomo-seq。但是这些方法存在操作复杂、检测精度不准确、基因和细胞检测量的限制等问题,无法大规模商业推广。基于SpatialTranscriptomics升级改进后的Visium空间转录组,是目前唯一一款高精度、高通量的商业化空间转录组测序方案,工作流程简单,从组织切片到文库构建仅需一天,大大节省时间成本。其本质是通过空间条形码捕获探针,高通量的原位检测冷冻组织切片中不同区域的RNA的表达模式以及空间分布。当组织冷冻切片附在带有spa

  • 302020/03

    置 顶Nature review||新视角揭示肿瘤——从CAF开始

    近年来,对肿瘤微环境(Thetumormicroenvironment,TME)的研究犹如显微镜般将肿瘤研究聚焦于更精确更细致的研究层面,对于肿瘤发生生长及转移等机制的揭示具有决定性的作用,对于肿瘤的诊断、防治和预后亦有着重要的作用。在TME中,肿瘤相关成纤维细胞(cancer-associatedfibroblasts,CAFs)对于TME的形成和发展具有至关重要的作用。CAFs可重塑细胞外环境(extracellularmatrix,ECM),分泌生长因子(growthfactor),影响血管形成(angiogenesis),调解免疫系统(immunesystem)等,具有促进肿瘤和抑制肿瘤的双重功能,对肿瘤机制研究、肿瘤药物治

  • 242020/03

    置 顶单细胞文献盘点|二月单细胞高分文献汇总

    本期,小编带大家来看看2月份有哪些单细胞转录组测序相关的高分文章吧~2月份共整理21篇高分文献(IF>20),其中,构建单细胞图谱的文章有6篇,涉及首份人类胸腺细胞图谱,灵长类动物衰老卵巢细胞图谱、以及对小鼠肠道、皮肤、视交叉上核和内皮细胞的单细胞转录组图谱进行绘制。生长发育有6篇,包括干细胞分化、类原肠胚、类器官;肿瘤相关的文献3篇,免疫相关的文献4篇;神经科学2篇。(扫描文末二维码,获取所有文章连接~)下面小编将针对7篇CNS文献进行简单介绍:一、题目:MAFG-drivenastrocytespromoteCNSinflammationDOI号:10.1038/s41586-020-1999-0发表期刊:Nature影响

  • 162020/03

    置 顶技术抢先看|全新空间转录组测序数据分析策略来咯~

    前几期,小编已经分享过单细胞与空间转录组联合应用于骨髓造血微环境的文章咯。(感兴趣的小伙伴,可以补课哦~)本期,小编将重点介绍一下烈冰生物针对人类样本的空间转录组数据的分析策略。烈冰生物单细胞转录组测序与空间转录组测序联合分析流程也正在最后的优化测试阶段,即将与大家见面,敬请期待!(赶紧关注我们吧,方便下次订阅~)首先,给大家分享一篇2020年1月13日发表于《NatureBiotechnology》的高分文章:Integratingmicroarray-basedspatialtranomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladeno

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